C’est le laboratoire de référence national pour le diagnostic moléculaire par PCR et la charge virale de l’infection à VIH/SIDA. Grâce à un plateau technique performant, cette unité assure le diagnostic moléculaire de l’infection à VIH chez les enfants nés de mères séropositives et le suivi biologique de l’infection à VIH/SIDA chez les patients sous ARV par la réalisation de la charge virale et le génotypage de résistance. Elle est responsable de la formation et de la supervision de tous les sites réalisant la charge virale et le diagnostic néo-natal dans le pays.

Elle a en charge le volet moléculaire des enquêtes séro-comportementales avec la recherche moléculaire des agents d’IST tels que Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium et les Papillomavirus humains oncogènes.

Elle a aussi pour rôle d’évaluer les tests moléculaires tels que ceux utilisés dans le cadre du programme national de lutte contre le VIH/SIDA ou les technologies Point-Of Care comme le GeneXpert et le m-PIMA.

Elle réalise en routine le génotype de résistance par séquençage nucléotidique pour les patients en échec virologique et la surveillance de la résistance tous les 3 ans selon les recommandations de l’OMS.

L’unité a fait l’objet d’une accréditation par l’OMS pour la surveillance des résistances aux ARV pour le VIH-1 (2009). Enfin l’unité se veut un cadre de formation et d’encadrement d’étudiants, stagiaires et autres jeunes chercheurs de la sous-région.

Activités de routine de diagnostic et de suivi virologique

• Diagnostic moléculaire néonatal dans le cadre du programme PTME par les techniques Cobas AmpliPreP/Cobas TaqMan (Roche)
• Suivi virologique des patients infectés par le VIH sous ARV avec 2 composantes
  • Détermination de la charge virale avec les plateformes m2000sp/m2000rt (Abbott), NucliSenS EasyQ (Biomerieux), Cobas AmpliPreP/Cobas Taqman (Roche)
  • Génotypage de résistance aux ARV par séquençage nucléotidique pour les patients en échec virologique avec le séquenceur SeqStudio (Thermo Fisher Scientific)
• Supervision formative des laboratoires de diagnostic du VIH à travers le pays.
• Quantification de l’ADN du virus de l’hépatite B avec la plateforme Cobas AmpliPreP/Cobas Taqman (Roche).
• Diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2.

Activités de recherche

• Évaluation des technologies Point Of Care (GeneXpert et m-PIMA) pour le diagnostic moléculaire et la charge virale du VIH-1 et du VIH-2 au Sénégal (CHAI et Abbott)
• Surveillance de la résistance aux ARV chez les patients en pré-traitement et chez les patients sous ARV après 12 mois et 48 mois aux Sénégal (CNLS)
• Diagnostic moléculaire des IST à C. trachomatis et N. gonorrhoeae dans le cadre de l’enquête de surveillance comportementale combinée de l’infection à VIH
• Utilisation des Point of Care (POC) GeneXpert pour le dépistage du VPH et le traitement des lésions précancéreuses du col de l’utérus au Sénégal (
• Recherche des protéine oncogènes E6 et E7 dans le diagnostic du cancer du col de l’utérus au Sénégal (Appui CIRC)

Contrôle de Qualité

Le laboratoire est soumis à plusieurs contrôles de qualité externe :

• Charge virale plasmatique avec le NIH depuis 2005 et de IRESSEF depuis 2018
• Diagnostic précoce du VIH-1 avec LBV-UCAD puis IRESSEF depuis 2014
• Résistance aux ARV avec ANRS depuis 2006, NIH et OMS depuis 2008