C’est le laboratoire de référence national pour le diagnostic moléculaire par PCR et la charge virale de l’infection à VIH/SIDA. Grâce à un plateau technique performant, cette unité assure le diagnostic moléculaire de l’infection à VIH chez les enfants nés de mères séropositives et le suivi biologique de l’infection à VIH/SIDA chez les patients sous ARV par la réalisation de la charge virale et le génotypage de résistance. Elle est responsable de la formation et de la supervision de tous les sites réalisant la charge virale et le diagnostic néo-natal dans le pays.
Elle a en charge le volet moléculaire des enquêtes séro-comportementales avec la recherche moléculaire des agents d’IST tels que Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium et les Papillomavirus humains oncogènes.
Elle a aussi pour rôle d’évaluer les tests moléculaires tels que ceux utilisés dans le cadre du programme national de lutte contre le VIH/SIDA ou les technologies Point-Of Care comme le GeneXpert et le m-PIMA.
Elle réalise en routine le génotype de résistance par séquençage nucléotidique pour les patients en échec virologique et la surveillance de la résistance tous les 3 ans selon les recommandations de l’OMS.
L’unité a fait l’objet d’une accréditation par l’OMS pour la surveillance des résistances aux ARV pour le VIH-1 (2009). Enfin l’unité se veut un cadre de formation et d’encadrement d’étudiants, stagiaires et autres jeunes chercheurs de la sous-région.
Activités de routine de diagnostic et de suivi virologique
Diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2.
Diagnostic moléculaire néonatal dans le cadre du programme PTME par les techniques Cobas AmpliPreP/Cobas TaqMan (Roche)
Suivi virologique des patients infectés par le VIH sous ARV avec 2 composantes
Détermination de la charge virale avec les plateformes m2000sp/m2000rt (Abbott), NucliSenS EasyQ (Biomerieux), Cobas AmpliPreP/Cobas Taqman (Roche)
Génotypage de résistance aux ARV par séquençage nucléotidique pour les patients en échec virologique avec le séquenceur SeqStudio (Thermo Fisher Scientific)
Supervision formative des laboratoires de diagnostic du VIH à travers le pays.
Quantification de l’ADN du virus de l’hépatite B avec la plateforme Cobas AmpliPreP/Cobas Taqman (Roche).
Activités de recherche
- Évaluation des technologies Point Of Care (GeneXpert et m-PIMA) pour le diagnostic moléculaire et la charge virale du VIH-1 et du VIH-2 au Sénégal (CHAI et Abbott)
- Surveillance de la résistance aux ARV chez les patients en pré-traitement et chez les patients sous ARV après 12 mois et 48 mois aux Sénégal (CNLS)
- Diagnostic moléculaire des IST à C. trachomatis et N. gonorrhoeae dans le cadre de l’enquête de surveillance comportementale combinée de l’infection à VIH
- Utilisation des Point of Care (POC) GeneXpert pour le dépistage du VPH et le traitement des lésions précancéreuses du col de l’utérus au Sénégal (
- Recherche des protéine oncogènes E6 et E7 dans le diagnostic du cancer du col de l’utérus au Sénégal (Appui CIRC)
Contrôle de Qualité
Le laboratoire est soumis à plusieurs contrôles de qualité externe :
Résistance aux ARV avec ANRS depuis 2006, NIH et OMS depuis 2008
Charge virale plasmatique avec le NIH depuis 2005 et de IRESSEF depuis 2018
Diagnostic précoce du VIH-1 avec LBV-UCAD puis IRESSEF depuis 2014
Nos Plateformes Techniques
Dans le cadre de ses activités de diagnostic et de suivi biologique de l’infection à VIH/SIDA, le Laboratoire dispose grâce au soutien du Ministère de la Santé et de l’Action Sociale, du CNLS et des partenaires financiers d’un plateau technique de biologie moléculaire très relevé avec des équipements de dernière génération qui lui permet d’exécuter les analyses de PCR et de charge virale au profit des patients mais aussi dans le cadre des enquêtes.
Il s’agit :
- D’automates d’extraction des acides nucléiques
- D’appareils de PCR en temps réel
- D’automates combinés
- De plateformes de type Point Of Care (m-PIMA et GeneXpert).
En plus de ces appareils, le laboratoire est doté d’un plateau de séquençage génomique de 1ère génération (Séquençage SANGER) et de 2ème génération (NGS ou Next Generation Sequencing).
Cobas 5800 (Roche Diagnostic)
Le système cobas® 5800 automatise et intègre les étapes des tests d’acides nucléiques (NAT) par PCR, destiné aux laboratoires et aux professionnels formés.
Avec une capacité de 20 à 150 échantillons par jour, il propose plus de 25 tests, dont 15 intégrés en permanence et 6 tests différents en une seule ana- lyse. Il peut générer jusqu’à 144 résultats par quart de travail de 6 heures, avec un contrôle personnalisable, une autonomie de 8 heures et un format compact (134 cm x 79 cm). Il permet également la hiérarchisation des échantillons et des tests pour une gestion optimisée.
Au Sénégal il est utilisé pour la charge virale du VIH-1 et le diagnostic pré- coce du VIH 1 et du VIH -2
Système m2000 sp/m2000 rt (Abbott)
Le test Abbott RealTime HIV-1 est un test in vitro basé sur la technique de transcription inverse suivie d’une amplification par PCR (RT-PCR). Il permet la quantification du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) dans le plasma humain de patients infectés, avec une plage de détection allant de 40 à 10 000 000 copies/mL. Ce test est conçu pour être utilisé sur le système automatisé m2000.
Au Sénégal il est destiné à évaluer que la charge virale du VIH-1 dans un contexte clinique.
GeneXpert (Cepheid)
Grâce à la technologie GeneXpert®, le test Xpert HIV-1 Viral Load XC et le test Xpert HIV-1 Qual XC, automatisent le processus de test dans une seule cartouche entièrement intégrée et permet de réaliser des tests en laboratoire et en milieu délocalisée. Il Fournit aux utilisateurs les avantages d’un flux de travail simple, de résultats rapides et de flexibilité pour des volumes de tests faibles à élevés.
Il est aussi utilisé pour faire des tests de diagnostic de la tuberculose et le dépistage de HPV
Système m-PIMA (ABBOTT)
Ce système entièrement automatisé associe la précision des tests molécu- laires à un délai d’exécution court, permettant la prise de décisions thérapeu- tiques et des consultations avec les patients le même jour.
L’analyseur portable m-PIMA™ fournit un diagnostic précoce du VIH-1 et VIH-2 chez le nourrisson et des tests de charge virale du VIH-1 et VIH-2 dans un large éventail d’environnements décentralisés, ce qui contourne les retards et les inefficacités associés aux tests centralisés. Au Sénégal ces appareils sont utilisés au Sud du pays où nous trouvons une plus haute prévalence du VIH-2.
Analyseur génétique Seqstudio et ABI 3500XL
Le séquençage de Sanger est considéré comme la référence absolue en matière de technologie de séquençage.
Il offre une précision élevée, des lectures longues et une flexibilité adap- tée à une grande variété d’applications dans de nombreux domaines de re- cherche.
Il est utilisé pour le génotypage de résistance des souches de VIH pour la détection des mutations de résistance aux ARV chez les patients sous trai- tement et dans le cadre de la surveillance de la résistance aux ARV et pour étudier la diversité génétique des souches.
Analyseur génétique minION (Nanopore)
Appareil de séquençage de nouvelle génération (NGS) l’analyseur géné- tique minION de la compagnie oxford Nanopore technologies est adopté dans le séquencage « Whole génome » avec l’exemple du SARS-CoV-2 mais également dans la métagénomique avec soit la technique « shotgun » ou la « target » métagénomique.
Grace à un séquençage de haut débit basé sur le principe de mesure des variations d’un courant électrique lors du passage du génome viral dans un pore de quelques nanomètres.
Ces paramètres font de cette technologie une plateforme majeure dans la surveillance et la prévention des épidémies.